PortADA ha creado cuatro equipos de trabajo (uno por cada puerto a estudiar: Barcelona, Marsella, Buenos Aires, La Habana), en los que colaboran estrechamente especialistas en historia marítima y portuaria, y personal académico experto en humanidades digitales. Cada equipo local aborda y resuelve los problemas específicos de su respectiva fuente documental. Los desarrollos informáticos destinados a la solución de problemas específicos se comparten entre los otros equipos locales mediante flujos de trabajo con métodos ágiles y sistemas de feed-back continuo.